Plusieurs épisodes ont été renvoyés à la BBC, provenant des archives d'autres pays qui avaient diffusé la série. Des enregistrements faits par des fans ainsi que des extraits diffusés dans d'autres émissions ont également été récupérés. De plus, des versions audio de tous les épisodes perdus existent, faits par des téléspectateurs qui ont fait un enregistrement du programme.

Un des moments perdus les plus importants concerne l'épisode mettant en scène la régénération de William Hartnell (Premier Docteur), dans la quatrième partie de l'épisode The Tenth Planet (1966). Le seul enregistrement que l'on possède de cet épisode est un film 8 minutes silencieux de très mauvaise qualité, et qui ne montre que quelques secondes de la régénération.

Tous les épisodes mettant en scène le Troisième Docteur, incarné par Jon Pertwee, ont été récupérés, mais il demeure à ce jour un certain nombre d'épisodes perdus parmi les périodes des deux premiers Docteurs. La période comptant le plus d'épisodes manquants est celle du Deuxième Docteur, incarné par Patrick Throughton.

Désormais, avec l'approbation de la BBC, des efforts sont faits pour restaurer autant que possibles les épisodes perdus, à partir de ce qu'il en reste. Dès le début des années 1990, la BBC a commencé à sortir des enregistrements audios de ces épisodes en cassettes et CD. Des reconstructions « officielles » ont également été commercialisées par la BBC en MP3 et sur VHS et CD-ROM, ainsi qu'en tant que bonus sur certains DVD. La BBC, en coopération avec les studios d'animation Cosgrove Hall, ont reconstruit les parties 1 et 4 de l'épisode The Invasion (1968), sous forme de Dessin animé. Bien qu'aucune autre reconstruction de ce type n'ait été annoncée, Cosgrove Hall a exprimé son désir de reconstituer d'autres épisodes perdus. Le projet a cependant été annoncé en avril 2007 comme indéfini.