Tout commence sur une plage près du village de Suna. Gaara et les ninjas du Sable sont confrontés à un mystérieux ennemi. Pendant ce temps, Naruto, Sakura et Shikamaru sont attaqués par le même ennemi lors d'une mission. Parmi eux se trouve un étrange garçon en armure, doté de grands pouvoirs. Retrouvés blessés par la caravane d'un peuple nomade, Naruto et le garçon nommé Temujin vont faire connaissance. Temujin appartient à un groupe idéaliste qui rêve de construire Utopia : un lieu où règne la paix et où le faible est protégé. Pour cela, Temujin est à la recherche d'une pierre mystérieuse, la Pierre de Guelel. Mais les apparences sont trompeuses...

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