Flynn, un concepteur de jeux vidéos qui s'est vu voler ses jeux vidéos par son ex-employeur, veut à tout prix récupérer une preuve qui lui ferait valoir ses droits. Avec l'aide d'Alan et de Lora, deux de ses anciens collègues, il infiltre le MCP (Maître Contrôleur Principal), un ordinateur avide de pouvoir à l'intelligence artificielle sur-développée. Quand ce dernier découvre que Flynn veut s'infiltrer dans ses circuits, il le téléporte dans un jeu vidéo. Pour s'évader, Flynn devra compter sur l'aide de Tron, un programme indépendant inventé par Alan.

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