Suite à l'affrontement entre Dialga et Palkia -le Temps et l'Espace- qui se produisit précédemment dans la ville de Alamos, l'équilibre du monde inversé s'en est retrouvé perturbé et le pokemon Giratina, seul habitant de ce monde de plus en plus pollué, cherche alors à ce venger des deux entités en les y attirant. Mais l'irruption d'un autre pokemon, un Shaymin, va venir perturber ses plans et tous parviennent à lui échapper. Revenu dans le monde réel, le Shaymin fait la rencontre de Sacha et ses amis qui décident de l'accompagner jusqu'au terme de sa migration. Mais alors que le voyage se poursuit, Giratina ne semble pas décidé à laisser fuir le petit pokemon et finit alors par attirer le groupe dans son univers parallèle, où nos héros vont découvrir que la véritable menace est en fait Zero, un scientifique ayant prévu de s'emparer des pouvoirs de Giratina pour détruire le vrai monde... (thetvdb.com)