L'aventure commence dans le ciel d'Oblivia, où deux Pokémon Rangers, à dos d'Étouraptor, poursuivent des criminels montés sur des machines volantes qui traquent un Pokémon mystérieux (Latios ou Latias) : les Poké Nappers. Ceux-ci parviennent à toucher le Ranger incarné par le joueur avec un tir, il chute alors dans l'océan. Par chance, les forts courants l'amènent sur une île. Le joueur commence alors sa longue enquête pour arrêter les Poké Nappers et leur plan diabolique. (thetvdb.com)