Dix ans se sont écoulés depuis le dernier épisode de la série télé. L'équipage du Sidonia s'est soigneusement préparé à la grande guerre contre les Gauna, des créatures non interactives, afin de s'installer sur la planète sevendu système stellaire Lem. Nagate, l'as des as, tombe éperdument amoureux de Tsumugi. Cependant, la malice d’un vieux scientifique, cachée en un homme, change complètement la situation. (thetvdb.com)