Dans la ville de Mitakihara, Kaname Madoka et son amie Miki Sayaka rencontrent une créature nommée Kyuubee et sont sauvées des sorcières par la magicienne Tomoe Mami. Kyuubee offre à Madoka et Sayaka la possibilité de réaliser n'importe quel souhait en échange de devenir une fille magique et de combattre les sorcières, tandis qu'Akemi Homura, une autre fille magique et étudiante récemment transférée, s'oppose fermement à ce que Madoka devienne une fille magique. Avant que Madoka ne puisse prendre une décision, Mami est tuée par une sorcière, laissant Madoka trop effrayée pour devenir une fille magique. Sayaka, elle, décide de devenir une magical girl afin de soigner la main de son ami d'enfance, Kamijou Kyousuke. Sayaka entre bientôt en conflit avec une autre magical girl nommée Sakura Kyouko. Avec Madoka, elles apprennent la vérité choquante que leurs Soul Gems, la source de leurs pouvoirs magiques, contiennent littéralement leurs âmes. (thetvdb.com)