Madoka apprend de Kyuubee, de sa véritable identité Incubator, que son espèce passe des contrats pour faire des filles des magiciennes qui deviennent des sorcières afin d'utiliser l'énergie de leur désespoir pour contrer l'entropie de l'univers. Kyouko, espérant que Sayaka puisse redevenir humaine, emmène Madoka avec elle pour tenter de retrouver son humanité. Kyouko choisit de se sacrifier pour détruire Sayaka avec elle. Pendant ce temps, il est révélé qu'Homura vient d'une autre ligne temporelle, ayant revécu le même mois plusieurs fois dans l'espoir de sauver Madoka d'un destin sinistre aux mains de la sorcière ultime, Walpurgisnacht. Homura tente d'affronter Walpurgisnacht, mais elle est finalement vaincue et se rapproche du désespoir, sentant que ses efforts sont devenus inutiles. C'est alors que Madoka apparaît et utilise l'énergie accumulée dans plusieurs lignes temporelles pour devenir une puissante fille magique capable d'éliminer les sorcières avant qu'elles ne naissent. (thetvdb.com)