Après s'être séparé de Sonic et des autres, Knuckles, l'échidné à plumes rouges, qui prend des mesures indépendantes, se cache dans la ville. Là, il entre en contact avec Robotnik, qui prétend vouloir récupérer les émeraudes du Chaos pour retourner dans leur propre monde et s'excuse pour les mauvaises actions qu'il a commises jusqu'à présent, en demandant à Knuckles de s'occuper de Sonic. Knuckles se laisse piéger par ces mots. On annonce alors la découverte d'une gemme non identifiée. Il s'agit en fait d'un piège inventé par Robotnik, mais Knuckles et le groupe de Sonic tombent dans le panneau. C'est là que Sonic et Knuckles commencent leur combat. Après avoir compris que Robotnik lui avait menti en disant qu'il voulait vivre en paix, Knuckles fait équipe avec Sonic pour le vaincre. (thetvdb.com)